Ботанический сад основал профессор и заведующий заведующим кафедрой высших растений и систематики Кенигсбергского университета Паул Кэбер. Сад был разбит в 1904 году в одном из живописнейших районов Марауненгофа и являлся базой для практических занятий учащихся. Огромная оранжерея, в которой произрастало около 4000 видов растений погибла в конце Второй Мировой войны.

После войны сад восстановили и передали Калининградскому государственному университету. В настоящее время там находится студенческая база кафедры ботаники и экологии растений Российского государственного университета им. Иммануила Канта.

Сейчас на территории калининградского сада есть оранжереи, парники, водоемы, питомник редких растений и трав. Ежегодно проводится более 200 тематических экскурсий.